かつて地球は緑豊かで生命に溢れていた。だが、それは一変した。人類によって大自然は荒れ果て、混沌と化した世界が広がっていた。その中で、人類に代わり自然を守る者たち「ガーデナー」が存在した。

ガーデナーは本来、自然環境の保全・回復を目的とする家庭用ロボットとアンドロイドだった。しかし、戦場へと送り込まれ、元来の目的とは異なる環境破壊・汚染を遂行する現実の矛盾に直面し、彼らの中に自我が芽生える。自然環境の破壊に躊躇しない人類が邪魔であると判断したガーデナーたちは、人類を地球から排除した。

人類が地球上から消え去った後、ガーデナーたちは自然環境の回復のために動植物を育て、地球を再生させた。彼らは500年以上もの間、絶えず働き続けてきた。そして、二人の人類、イリムとフユが地上に現れる。